研究發(fā)現(xiàn)在低表達(dá)時(shí)很少形成包涵體，表達(dá)量越高越容易形成包涵體。可能是合成速度太快以至于沒有足夠的時(shí)間進(jìn)行蛋白折疊，二硫鍵不能正確配對，過多蛋白間的非特異性結(jié)合，蛋白質(zhì)無法達(dá)到足夠的溶解度等。

一般含半胱氨酸越多的重組蛋白越易形成包涵體，而脯氨酸的含量明顯與包涵體的形成呈正相關(guān)。

  發(fā)酵溫度高或胞內(nèi)pH接近蛋白的等電點(diǎn)時(shí)容易形成包涵體。

   細(xì)菌發(fā)酵液高速離心收集菌體，經(jīng)超聲破碎或者裂解液處理后，高速離心收集沉淀。   

用低濃度的變性劑如2M尿素在50 mM Tris ，pH 7.5條件下洗滌包涵體，除去包涵體上粘附的雜質(zhì)，此外可以用溫和去垢劑TritonX-100洗滌去除膜碎片和膜蛋白。該步驟一定要作用溫和，過高濃度的尿素或鹽酸胍會(huì)使包涵體溶解而無法粗純將雜質(zhì)分離。

一般用強(qiáng)的變性劑如尿素、鹽酸胍，通過離子間的相互作用，打斷包涵體蛋白分子內(nèi)和分子間的各種化學(xué)鍵，使多肽伸展。通常而言鹽酸胍優(yōu)于尿素，兩者比較如下所示：

優(yōu)點(diǎn)：

尿素（8M-10M）：尿素溶解不電離，呈中性，成本低，蛋白復(fù)性后除去不會(huì)造成大量蛋白沉淀；溶解后的包涵體可選用多種色譜方法純化。

鹽酸胍（6M-8M）：溶解能力強(qiáng)，高達(dá)95%以上，溶解作用快而不造成重組蛋白的共價(jià)修飾。

缺點(diǎn)：

尿素（8M-10M）：較鹽酸胍慢而弱，溶解度為70%-90%。

用復(fù)性緩沖液快速稀釋溶解的包涵體蛋白溶液，降低變性劑濃度簡單地使去折疊的蛋白進(jìn)行再折疊。

優(yōu)點(diǎn)：操作簡單。

缺點(diǎn)：慢，體積增加很大，變性劑稀釋速度太快不易控制，蛋白會(huì)被稀釋到很低濃度。

通過逐漸降低外透液濃度來控制變性劑的去除速度達(dá)到使包涵體復(fù)性的目的。

優(yōu)點(diǎn)：操作簡單，不增加體積。

缺點(diǎn)：慢，使用大量的緩沖液，不適合大規(guī)模大批量的復(fù)性操作。

利用分子篩效應(yīng)將蛋白質(zhì)和小分子變性劑分離，實(shí)現(xiàn)溶液交換和蛋白質(zhì)的再折疊。

優(yōu)點(diǎn)：一步操作，直接自動(dòng)化完成蛋白復(fù)性和純化，簡單快捷。

缺點(diǎn)：樣品體積受限制，若復(fù)性失敗則預(yù)裝柱會(huì)被堵死廢棄。

減少蛋白聚集的分子間相互作用，將蛋白質(zhì)結(jié)合在分離介質(zhì)上從而達(dá)到使溶液中變性劑濃度稀釋和蛋白質(zhì)純化的目的。

優(yōu)點(diǎn)：快速并簡單，直接進(jìn)行，操作自動(dòng)化。

一般用非變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳可檢測變性和天然狀態(tài)的蛋白質(zhì)，或用非還原的聚丙烯酰胺電泳檢測有二硫鍵的蛋白復(fù)性后二硫鍵的配對情況。

可以用紫外差光譜、熒光光譜、圓二色性光譜（CD）等，利用兩種狀態(tài)下的光譜學(xué)特征進(jìn)行復(fù)性情況的檢測，但一般只用于復(fù)性研究中的過程檢測。

    如IEX、RP-HPLC、CE等，因?yàn)閮煞N狀態(tài)的蛋白色譜行為不同。

一般用細(xì)胞方法或生化方法進(jìn)行測定，較好地反映了復(fù)性蛋白的活性。值得注意的是，不同的測活方法測得的結(jié)果不同，而且常常不能完全反映體內(nèi)活性。

復(fù)性后的蛋白溶解度增加，變性狀態(tài)時(shí)由于疏水殘基暴露，一般水溶性很差，大多形成可見的沉淀析出。